Stefan Heijnen studeerde Geneeskunde aan de Erasmus Universiteit in Rotterdam. Na ervaring opgedaan te hebben, is hij zich gaan specialiseren in het Maxima Medisch Centrum in Eindhoven/Veldhoven en de MUMC Maastricht, van 2006 tot 2012. Het laatste deel van de opleiding heeft hij gedaan in het Amphia ziekenhuis in Breda, om zich in hetzelfde ziekenhuis verder te specialiseren in de bovenste extremiteit, met name de schouderchirurgie. In begin 2013 is hij gaan werken in Medinova Kliniek Breda, het huidige Bergman kliniek Breda. Het eerste jaar was de samenwerking heel erg nauw met collega Alex Fievez, die hem de nodige ervaring en expertise heeft bijgebracht in de voorste kruisbandchirurgie.
Intussen heeft hij zich in de schouder en sportletsel van de knie chirurgie verder ontwikkeld en zich zeer gespecialiseerd. Deze operaties worden jaarlijks veel verricht in een gespecialiseerd en dedicated team. Al jaren loopt er een goed schouderspreekuur, waarbij er naast het consult ook meteen een echo gemaakt kan worden en een behandelplan wordt gemaakt, of zelfs al uitgevoerd.